Nuestra Institución cuenta con un programa de Salud Rural, que comenzó como un programa parroquial  con la cooperación de dos médicos españoles y hoy abarca a más de 20 comunidades rurales.  Este programa cuenta con un Médico y una promotora social, los cuales a diario visitan una comunidad, las consultas son a precio simbólico y las medicinas se venden a precio de costo de los Laboratorios distribuidores de medicamentos, todas las vitaminas son donadas por la Clínica San Francisco de Asís.

Los pacientes que son atendidos mediante este programa,  y que necesiten ser remitidos a cualquier especialista de la Clínica, se atienden a precios diferenciados. Además los sábados funciona la consulta sabatina para atender cualquier caso remitido de las comunidades que necesiten de atención especializada.

En la actualidad se ha incorporado a este proyecto de Salud Rural  una clínica periférica, que funciona con un consultorio ubicado en la parte oeste del Santuario Cristo de Esquipulas. La consulta es atendida por un medico general y una enfermera.En sentido general es bueno destacar que la Clínica San Francisco de Asís se caracteriza  por mantener los aranceles de todos sus servicios por bajo  de todas las demás clínicas de  la región, logrando con esto que nuestros servicios estén al alcance de la gran mayoría, pues como proyecto social y cristiano, sentimos y vemos en cada paciente a ese Cristo sufriente en la cruz que necesita de nuestra ayuda y protección.

Durante todo este  tiempo y apegados al principio de servicio social, hemos mantenido los precios más accesibles en todas las áreas de la Clínica, sin perder  la calidad de nuestros servicios. El confort de nuestras Instalaciones, nuestro amable personal y el staff de Médicos de más prestigio de la zona Sur estarán en toda la disposición de  atenderle.

 Es así que  siempre nos hemos proyectado, SOCIALMENTE con nuestra comunidad.

 Durante  10  años manejamos el Programa de Salud Rural, que consistió en llevar servicios de salud gratuitos a mas de 50 comunidades del departamento de Choluteca, y hemos creados un  Dispensario Médico  para atender a la población en los barrios aledaños al santuario de Esquipulas.